增值税专用发票已认证但对方公司作废怎么进行账务处理

本公司为医疗器械行业，增值税专用发票当月已认证，对方公司在当月又作废了，如何进行账务处理?

这种情况认证后不能抵扣进项税额。如果已经抵扣需要做进项转出处理。

如销货方开出发票后，在防伪税控开票系统中作“作废”操作，且在抄报税和申报时按“作废”票处理的，购货方取得的发票抵扣联已认证的，不得抵扣进项税，也不得退回开票方。

销货方在未取得购货方专用发票的发票联和抵扣联，是不得擅自将已开具的专用发票作废的，否则会出现稽核比对不符。对于购货方已认证相符的增值税专用发票是不得退还给开票方的。公司应在系统中申请开具红字专用发票，然后根据开票方开来的红字发票后作进项税额转出，再由开票方重新开具蓝字发票给贵公司。

除此之外在向对方开具红字发票申请前不能向对方付款，否则对方可能不再开具蓝字发票。

政策依据：

《国家税务总局关于认真做好增值税专用发票发售、填开管理等有关问题的通知》(国税函〔2003〕785号)第四条规定，在未收回专用发票抵扣联及发票联，或虽已收回专用发票抵扣联及发票联但购货方已将专用发票抵扣联报送税务机关认证的情况下，销货方一律不得作废已开具的专用发票。

《国家税务总局关于修订〈增值税专用发票使用规定〉的通知》(国税发〔2006〕156号)第二十五条规定，用于抵扣增值税进项税额的专用发票应经税务机关认证相符(国家税务总局另有规定的除外)。认证相符的专用发票应作为购买方的记账凭证，不得退还销售方。